巴中市第三中学行政管理机构设有8个内设机构和6个教育教学年级组。

    8个内设机构是：办公室（人力资源处）、教务处（招生办公室）、政教处、教科室、艺教处、总务处、信息管理中心、安保处。

    6个教育教学年级组是：初一年级组、初二年级组、初三年级组、高一年级组、高二年级组、高三年级组。

    各机构的主要职责如下：

    （一）办公室（人力资源处）：负责学校文电、会务、机构编制、人事、保险、机要、保密、宣传、档案、督查、协调、接待等工作；组织起草重要报告和综合性材料；完成学校临时安排的其他工作。

    （二）教务处（招生办公室）：负责草拟学校教学管理规章制度，拟定学校教学工作计划并组织实施；负责招生考试、学籍管理、课程管理、语言文字推广使用等工作，协助上级做好校级以上考务工作；负责对各年级组的教学工作进行指导、监管、评价和目标考核；完成学校临时安排的其他工作。

    （三）政教处：负责草拟学校德育、卫生健康教育管理规章制度和相关工作计划并组织实施；负责德育教育工作，协助校园文化建设；负责管理班主任工作，联系家长委员会工作，指导学生社团工作；卫生及健康教育活动；负责对年级部德育、卫生及健康教育工作的指导、监管、评价和目标考核；负责管理学校卫生及心理健康教育等场地及其设施设备；完成学校临时安排的其他工作。

    （四）教科室：拟定和实施学校科研工作计划，总结分析并推广教科研成果，开发与推广校本课程，管理科研课题；负责主（协）办各类教科研学术活动和教师继续教育工作；负责教学科研工作的指导、评价和目标考核。

    （五）艺教处：负责艺术和体育教育管理规章制度和相关工作计划并组织实施；负责艺术和体育活动规章制度和相关工作计划并组织实施；协助校园文化建设；负责管理指导学生社团工作；负责对年级组艺术及体育健康教育工作的指导、监管、评价和目标考核；负责管理学校艺术、体育健康教育场地（馆）及其设施设备；完成学校临时安排的其他工作。  

    （六）总务处：拟定和实施学校后勤管理工作计划；负责采购、设备维护（修）、基建、校舍修缮工作；负责校产校舍登记、水、电、燃气、物业管理等工作；负责校园净化、绿化、美化、亮化工作；负责对校内公产公物管理使用情况进行督导、考核及节能减排工作；负责草拟学校财务管理制度，管理财务工作，编制、审核有关财务报表并综合分析；负责缴纳教职工的“五险一金”，办理现金出纳业务；负责收集和填报学校统计报表；完成学校临时安排的其他工作。

    （七）信息管理中心：负责草拟学校信息化和教育技术发展规划及规章制度，做好相关管理与服务工作；牵头负责学校教育教学技术装备工作；负责学校信息数据库建设、管护；负责学校网络舆情和网络安全监管，承担学校网络舆情报送、对外网络宣传报道工作；负责学校网站建设、管理和维护；完成学校交办的其他任务。

    （八）安全保卫处：负责草拟学校安全管理规章制度，拟定学校安保计划并组织实施，维护学校治安秩序；负责学校师生法制、安全、禁毒、防邪教育等工作；负责处理或协助处理学校处理发生的安全治安事故；负责安全工作的督导和目标考核工作。

     各级组主要职责为：负责制定教学及工作计划；负责德育、教学、教育科研、安全、卫生防疫等工作的开展；负责师生的教育、管理工作；负责教学工作安排及日常工作考核；负责学科备课组的建设和管理；负责使用的公产公物的管理和校园文化建设工作；完成学校交办的其他任务。